日本育種学会賞
会員あるいは会員を主体とするグループによる優れた学術的あるいは技術的業績に対して日本育種学会賞を贈呈し，その功績を顕彰しています．毎年，広く本会会員から推薦された候補者について，学会賞等選考委員会での選考および代議員会での承認を経て受賞者を決定します．
- 受賞資格：本会会員および本会会員を主体とするグループ
- 受賞件数：毎年3件以内
- 推薦時期：7月頃
- 推薦の有効期間：学会賞の推薦は推薦年を含めて3年間有効です．そのため，選にもれた場合でも，推薦を取り下げる場合を除き，次年以降の2年間は自動的に選考対象になります．
- 推薦方法：詳細は和文誌「育種学研究」をご覧ください．
日本育種学会奨励賞
育種および育種学上優れた業績をあげ，さらに将来の活躍が期待できる若手会員に対して日本育種学会奨励賞を贈呈し，その業績を表彰しています．毎年、広く本会会員から推薦された候補者について，学会賞等選考委員会での選考おび代議員会での承認を経て受賞者を決定します．
- 受賞資格：本会の若手会員（推薦年の4月1日現在，42歳未満あるいは研究歴（大学院在籍時を含む）が20年未満（但し研究中断期間がある場合は研究歴から除外する）の将来活躍が期待できる個人）
- 受賞対象業績：
①本会が刊行する「Breeding Science」または「育種学研究」に掲載された論文，または，②「Breeding Science」または「育種学研究」以外の出版物に掲載された論文または著書のうち，主要な内容が本会講演会で発表（口頭発表に限る）されているもの． - 受賞件数：毎年3件以内
- 推薦時期：7月頃
- 推薦方法：詳細は和文誌「育種学研究」をご覧ください．
日本育種学会功労賞
本会の運営・活動および発展に顕著な功労のあった会員および団体に対して日本育種学会功労賞を授与し，その功績を顕彰しています．概ね2年に一度，運営委員会が推薦し，代議員会での承認を経て受賞者が決定されます．
日本育種学会論文賞
英文誌「Breeding Science」および和文誌「育種学研究」に掲載された優れた論文（原著論文およびノート）に日本育種学会論文賞を授与し，これを表彰しています．論文賞の選考は毎年行われ，編集委員長が編集委員の意見に基づき毎年3編以内の受賞候補論文を決定し，論文賞選考委員会（学会賞等選考委員会が兼務）での審査，代議員会での承認を経て受賞論文が決定されます．
日本育種学会優秀発表賞
春季および秋季大会（講演会）における優秀な発表に対して日本育種学会優秀発表賞を授与し，これを表彰しています．優秀発表賞の選考は年2回の大会毎に行われ，口頭発表およびポスター発表におけるエントリー演題を対象に，代議員および講演会座長の投票により受賞候補演題が決定され，学会賞等選考委員会での審査を経て受賞演題が決定されます．
石原（志方）守一奨学金
石原（志方）守一奨学金は，理学，農学，工学それぞれの分野で博士号を取得され，生物統計学や情報学の分野で育種学に貢献された故石原（志方）守一博士のご家族様からの寄付金を原資として創設され，毎年，春季および秋季大会（講演会）における優秀発表賞受賞者のうち，特に優れた発表を行った学生会員に対して， 本奨学金を贈呈しています。
本会関係者の日本農学賞受賞（昭和26年以降）
一般社団法人日本農学会は，毎年，農学に関する研究で業績顕著なもの数件に対し日本農学賞を贈呈し，表彰しています．日本農学会は日本農学賞受賞者の選考のため，会員学協会に対し日本農学賞受賞候補者の推薦を依頼しており，本会もこれまでに受賞候補者を推薦しています．本会が推薦する日本農学賞受賞候補者については，本会会員によって推薦された候補者の中から学会賞等選考委員会による選考を経て決定します．